A Mocidade Alegre foi fundada pelos irmãos Carlos, Salvador e Juarez da Cruz (este último é o presidente de honra da escola), com o intuito de se divertirem durante o carnaval, como já faziam em sua cidade natal: Campos-RJ. 

     No ano de 1958, em homenagem ao prefeito da Capital, que iniciava campanha de recuperação dos bondes e ônibus da cidade, o bloco saiu com o nome de "Bloco das Primeiras Mariposas Recuperadas do Bom Retiro", já que Juarez e seus amigos moravam na rua José Paulino, centro comercial de roupas feitas, armarinhos e enxovais.

     Havia um código entre os componentes do Bloco, embora a maior parte deles fossem casados e suas mulheres pretendessem participar, isso era vetado a elas. Por imposição de um dos componentes do grupo, que se recusava a sair fantasiado de mulher, no ano de 1963, eles saíram de palhaços e percorreram a avenida São João, onde a Rádio América promovia o Carnaval de rua com exclusividade. Nesta época cada bairro fazia seu próprio Carnaval, promovido geralmente por firmas comerciais quando o bloco passava em frente ao palanque armado próximo ao Cine Paissandu, o apresentador disse em alto tom: "É um bloco muito alegre, um bloco de sujos, como existem muitos no Rio de Janeiro".

     Ao sentarem na esquina da São João com Conselheiro Crispiniano, aquela frase não saía de suas cabeças. Estavam no meio-fio, descansando, quando resolveram dar um nome ao bloco. Entre muitas sugestões o escolhido foi "Mocidade Alegre", já que ao se apresentarem eles evocaram na lembrança do locutor os melhores tempos do Bloco Carnavalesco Mocidade Louca, de Campos e "alegre" foi o adjetivo usado para apresentá-los ao povo.

     Foi em meados de 1967 que se criou a Federação das Escolas de Samba de São Paulo. O Radialista Moraes Sarmento convocava todas as escolas, cordões e blocos carnavalescos para organizarem o Carnaval paulistano de 1968. As reuniões eram realizadas no Paulistano, na Rua da Glória. A partir dos estatutos dos “Acadêmicos do Peruche” foi elaborado o da Mocidade Alegre, em 24 de setembro de 1967 se transformou no Grêmio Recreativo Mocidade Alegre, sendo seu primeiro presidente Juarez da Cruz.

     A Mocidade Alegre conseguiu a proeza de ser tricampeã do carnaval paulistano logo após subir para o grupo principal. Em 1970, venceu o Segundo Grupo e, nos anos seguintes, já promovida, foi campeã logo de cara, em 71/72/73. 

     A Mocidade foi a primeira escola paulistana a introduzir destaques sobre os carros alegóricos, adereços de mão e alas coreografadas. A escola também teve a honra de ser a 1º Escola de Samba a ser convidada pelo Ministério da Cultura a representar a Cultura da Raiz Paulistana na Europa. A escola é conhecida também como "A Morada do Samba".

     Até o início dos anos 80, a Mocidade Alegre trazia muitos temas relacionados à raça negra e a sua saga no Brasil. Atualmente, enfrenta um período de mais de vinte anos sem ganhar um campeonato, mas vem chegando perto de quebrar o tabu. Na década de 80, foi vice-campeã em 81 e 88. Nos anos 90, chegou em terceiro lugar em 93, 96, 98 e em 2000, mantendo-se sempre entre as principais agremiações paulistanas.