A idéia de fundar uma Escola de Samba no distrito da Capela do Socorro, zona sul de São Paulo, aumentou logo após o carnaval de 1998, quando um grupo de amigos resolveram criar uma entidade carnavalesca para a região. A partir daí, aconteceram algumas reuniões na antiga casa de shows Corujão, no bairro do Socorro, que mais tarde tornaria o local dos primeiros passos da agremiação.

Em 05 de maio de 1998, foi oficializado e fundado o Grêmio Recreativo e Cultural Escola de Samba Estrela do Terceiro Milênio, com o propósito de representar no carnaval paulistano a comunidade do extremo sul da cidade, sob o comando do Sr. Silvio Antonio de Azevedo, primeiro presidente eleito da agremiação. Seu nome, “Estrela do 3° Milênio", deu-se alusivamente à virada do milênio em 2001, por ocasião, já esperado, como o grande acontecimento do século.

De início, nos anos de 1998 à 2001, suas atividades concentraram-se no espaço físico da casa de shows Corujão, que inspirou a idéia da coruja como símbolo e adotou o vermelho, azul, verde e branco como suas cores oficiais. Com a venda do Corujão no ano de 2001, os Srs. Alberto de Souza Miranda e Miguel Arcanjo Soares Batista, intercederam junto ao CDM "Dr. Tancredo Neves", localizado no bairro do Grajaú, um espaço para continuidade das atividades da agremiação, que após a mudança de endereço sofreu uma grande reformulação.

Em 2002, com um novo e atual presidente, o Sr. Alexandre Almeida, a agremiação apresentou-se pela primeira vez oficialmente no carnaval de São Paulo, que após um brilhante esforço de sua diretoria, apresentou o enredo "Acredite, se quiser!", desfilando pela vaga aberta de avaliação da UESP (União das Escolas de Samba Paulistana). No ano seguinte, a agremiação, ainda desfilando para avaliação, apresentou o enredo 'Manjar dos deuses, do cacau ao chocolate", o que lhe rendeu a participação no concurso do grupo de acesso da UESP, adquirindo o direito de disputar o título com as demais co-irmãs.

Participando do concurso em 2004, apresentou o enredo “Boa noite.com” obtendo a 4ª colocação do seu grupo e o direito à ascender ao grupo 3. Com apenas seis anos de história, a Escola de Samba Estrela do 3° Milênio reconhece que a escalada será difícil, porém conta com uma comunidade que acredita na idéia, combustível essencial para realização deste sonho. Num desfile memorável em Interlagos, sagrou-se campeã do grupo 2 no Carnaval de 2008. Em 2009, a Estrela do 3º Milênio sofreu um duro golpe.

Em meio aos preparativos para o primeiro desfile no Sambódromo do Anhembi, foi descoberto um desfalque nos recursos da entidade pelo presidente da época, que foi imediatamente afastado. Assumindo novamente, a Diretoria de fundação conseguiu manter a escola no Grupo 1, tornando-se Campeã no ano de 2011, conquistando um lugar junto às Escolas do Grupo de Acesso da Liga, que disputarão uma vaga no Grupo Especial do samba paulistano no Carnaval 2012.